Die mittigen Seitenaltäre besitzen Altarblätter von [[Johann Michael Rottmayr]] und zeigen die Heiligen Borromäus den Universitätsheiligen Benedikt. Die weiteren Seitenaltäre sind den vier Fakultätsheiligen geweiht.
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Der ursprüngliche steibnerne Tabernakes anstelle eines Hochjaltares wurde 1738 abgebrochen und stattdessen ein Altar von Anton Pfaffinger mit Engelfiguren und den drei Allegorien von Glauben (mittig) Hoffnung und Liebe neu gestaltet. eDie mittigen Seitenaltäre besitzen Altarblätter von [[Johann Michael Rottmayr]] und zeigen die Heiligen Borromäus den Universitätsheiligen Benedikt. Die weiteren Seitenaltäre sind den vier Fakultätsheiligen geweiht.