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Um wissenschaftlichen Bedürfnisse zu genügen setzte Hartenkeil die Idee um, ein größeres, kritisches Organ für Naturwissenschaften und Medizin zu gründen. Mit einigen Mitarbeitern begann er [[1790]] die Herausgabe der "[[Medicinisch chirurgische Zeitung|Medicinisch-chirurgischen Zeitung]]". Anfangs redigierte er sie zusammen mit seinem Kollegen Dr. [[Franz X. Mezler]], von [[1794]] an bis zu seinem Tode allein. Sie wurde dann im Sinne ihres Begründers von Ehrhart weitergeführt. Das Journal erfreute sich alsbald des allgemeinen Beifalles in der Gelehrtenwelt. Die hervorragendsten Ärzte und Naturforscher jener Zeit brachten Beiträge in der Zeitung. Kaiser [[Franz I.]] verlieh dem Herausgeber in Anerkennung seiner Verdienst [[1793]] die goldene Medaille und den Titel ''Hofrat''.
Um wissenschaftlichen Bedürfnisse zu genügen setzte Hartenkeil die Idee um, ein größeres, kritisches Organ für Naturwissenschaften und Medizin zu gründen. Mit einigen Mitarbeitern begann er [[1790]] die Herausgabe der "[[Medicinisch chirurgische Zeitung|Medicinisch-chirurgischen Zeitung]]". Anfangs redigierte er sie zusammen mit seinem Kollegen Dr. [[Franz X. Mezler]], von [[1794]] an bis zu seinem Tode allein. Sie wurde dann im Sinne ihres Begründers von Ehrhart weitergeführt. Das Journal erfreute sich alsbald des allgemeinen Beifalles in der Gelehrtenwelt. Die hervorragendsten Ärzte und Naturforscher jener Zeit brachten Beiträge in der Zeitung. Kaiser [[Franz I.]] verlieh dem Herausgeber in Anerkennung seiner Verdienst [[1793]] die goldene Medaille und den Titel ''Hofrat''.
Später wurde er zum Mitglied des medizinischen Collegiums ernannt. Damit war es ihm möglich die von ihm lange geplante Verbesserung des Medizinalwesens im [[Erzbistum Salzburg|Erzbistum]] durchzuführen. Auf seine Veranlassung wurde [[1804]] ein Medizinalrat und eine medizinisch-chirurgische Schule begründet, zu deren Direktor er selbst ernannt wurde. Er unterrichtete die Lehrfächer der Medizinalpolizei, der gerichtlichen Arzneikunde und der Geschichte der Medizin. Nachdem Salzburg zu k.k. Österreich kam und an Stelle dieser Schule eine Chirurgenschule eingerichtet worden war, wurde Hartenkeil auch von dieser wieder zum Direktor bestellt, zum ''Protomedicus'' des [[Herzogtum Salzburg|Herzogtums Salzburg]] und zum ''wirklichen Hofrat'' ernannt. In dieser ehrenvollen Stellung war er bis zu seinem Tode 1808 geblieben.
Später wurde er zum Mitglied des medizinischen Collegiums ernannt. Damit war es ihm möglich die von ihm lange geplante Verbesserung des Medizinalwesens im [[Erzbistum Salzburg|Erzbistum]] durchzuführen. Auf seine Veranlassung wurde [[1804]] ein Medizinalrat als selbständige Behörde und an der seit 1622 bestehenden Salzburger Universität eine medizinisch-chirurgische Fakultät mit 6 Lehrstühlen errichtet. H. wurde zum Professor für Geschichte der Medizin und Chirurgie, gerichtliche Arzneikunde und medizinische Polizei sowie zum Direktor der Fakultät und des Medizinalrates ernannt. Der Medizinalrat, dem die anderen Professoren als Mitglieder angehörten, entfaltete im Geist der medizinischen Aufklärung eine erfolgreiche Tätigkeit, die bald auch außerhalb des Landes Beachtung fand.<ref>https://www.deutsche-biographie.de/sfz26152.html#ndbcontent</ref>
Nach dem Ende des Kurfürstentums kam Salzburg unter die österreichische Herrschaft. "Die Universität als solche erhielt zwar die kaiserliche Bestätigung für ihren Forbestand, doch blieb die [[Medizinische Fakultät in Salzburg|medizinische Fakultät]] davon ausgenommen, weil die österreichische Monarchie an den 4 Universitäten zu Wien, Prag, Pest und Krakau ohnedies berühmte medizinische Fakutäten besaß, die man zur Heranbildung der nötigen Zahl von Ärzten für ausreichend hielt. In Salzburg wurde bloß ein sogenanntes großes chirurgisches Studium zur Erziehung von Wundärzten, Geburtshelfern und Hebammen eingerichtet."<ref>Kurt Ganzinger, J. J. Hartenkeil und die Begründung einer Medizinischen Fakultät an der Salzburger Universität im Jahr 1804, München 1965, 19.</ref>
Als Protomedicus des Erzherzogtums Salzburg blieb Johann Jakob Hartenkeil Direktor dieser Schule, ohne selbst noch eine Lehrtätigkeit auszuüben.<ref>https://www.deutsche-biographie.de/sfz26152.html#ndbcontent</ref>
Hartenkeil starb im Alter von knapp 48 Jahren an einer "Krampf-Athemsucht". Er wurde auf dem [[Sebastiansfriedhof]] (Gruft Nr. 69) beigesetzt.
Hartenkeil starb im Alter von knapp 48 Jahren an einer "Krampf-Athemsucht". Er wurde auf dem [[Sebastiansfriedhof]] (Gruft Nr. 69) beigesetzt.