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Der Vater erhielt später das Notariat in Prägarten in [[Oberösterreich]]. Josef Karl besuchte dort die Volksschule, dann als Zögling des [[Collegium Rupertinum]] das [[Salzburger Staatsgymnasium]]. In den ersten Jahren war [[Hans Widmann]], der Salzburger Landesgeschichtsschreiber, sein Lehrer in Geschichte und Geografie.

Der Vater erhielt später das Notariat in Prägarten in [[Oberösterreich]]. Josef Karl besuchte dort die Volksschule, dann als Zögling des [[Collegium Rupertinum]] das [[Salzburger Staatsgymnasium]]. In den ersten Jahren war [[Hans Widmann]], der Salzburger Landesgeschichtsschreiber, sein Lehrer in Geschichte und Geografie.

Nach der Matura (1904) nahm Mayr ein Studium der Geschichte und Geografie an der Universität Wien auf, wechselte aber nach zwei Semestern an die Universität Innsbruck. Dort geriet er in den Bannkreis des aus Salzburg stammenden Historikers [[Wilhelm Erben]]. Er wandte sich jetzt ausschließlich der Geschichte zu und promovierte am 24. März 1909 mit einer Dissertation über das Thema "Die Linzer Handschrift des deutschen Vegez“<ref>Erschienen als Heft 1 der ''Quellenstudien aus dem Seminar der Universität Innsbruck'', 1909.</ref>. Erben war es auch, der ihn veranlasste, seine Studien am Institut für österreichische Geschichtsforschung in Wien fortzusetzen. Seine Prüfungsarbeit für die Staatsprüfung am Institut, die er mit Auszeichnung bestand, trug den Titel "Die Türkenpolitik Erzbischof Wolf Dietrichs von Salzburg“.

Nach der Matura (1904) nahm Mayr ein Studium der Geschichte und Geografie an der Universität Wien auf, wechselte aber nach zwei Semestern an die Universität Innsbruck. Dort geriet er in den Bannkreis des aus Salzburg stammenden Historikers [[Wilhelm Erben]]. Er wandte sich jetzt ausschließlich der Geschichte zu und promovierte am 24. März 1909 mit einer Dissertation über das Thema "Die Linzer Handschrift des deutschen Vegez"<ref>Erschienen als Heft 1 der ''Quellenstudien aus dem Seminar der Universität Innsbruck'', 1909.</ref>. Erben war es auch, der ihn veranlasste, seine Studien am Institut für österreichische Geschichtsforschung in Wien fortzusetzen. Seine Prüfungsarbeit für die Staatsprüfung am Institut, die er mit Auszeichnung bestand, trug den Titel "Die Türkenpolitik Erzbischof Wolf Dietrichs von Salzburg".

Sodann trat er im Oktober 1911 in den Archivdienst und kam bald an das Haus- Hof und Staatsarchiv, an dem er seine ganze folgende Dienstzeit – mit Ausnahme seiner Militärdienstleistung während des [[Erster Weltkrieg|Ersten Weltkrieges]] verbringen sollte.

Sodann trat er im Oktober 1911 in den Archivdienst und kam bald an das Haus- Hof und Staatsarchiv, an dem er seine ganze folgende Dienstzeit – mit Ausnahme seiner Militärdienstleistung während des [[Erster Weltkrieg|Ersten Weltkrieges]] verbringen sollte.