Johann Ernst Graf Thun (* 3. Juli 1643 in Prag, Tschechische Republik, † 20. April 1709 in Salzburg) war ein Salzburger Erzbischof.

Er war der Halbbruder von Guidobald Graf Thun-Hohenstein. Zunächst wurde er 1679 Bischof von Seckau und war dann von 1687 bis 1709 Erzbischof von Salzburg.

Er hat sich durch seine Stiftungen und Kirchenbauten, die im Zeichen Fischer von Erlachs und der Abkehr von der bislang herrschenden "welschen" (aus dem Süden kommenden, trentischen Baumeister) Kunstrichtung stehen, in der Salzburger Geschichte verewigt.

Unter seiner Regentschaft entstanden bedeutende Barockbauten durch Fischer von Erlach: Kollegien-, Dreifaltigkeits- und Ursulinenkirche, Priesterhaus, Wallfahrtskirche Maria Kirchenthal bei Lofer und Schloss Klessheim.

Er kaufte 1695 das Salzburger Glockenspiel an.

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