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Nahtlos hat der Ex-Kapitän der U19-Auswahl, mit der er [[2007]] bei der Heim-EM in Linz kickte, den Wechsel ins U21-Nationalteam geschafft. Mit diesem scheiterte er erst im allerletzten Spiel [[2008]] an der Qualifikation für die Europameisterschaft [[2009]]. Nach einem 2:1-Sieg im Heimspiel gegen Finnland führten die Österreicher auch im Rückspiel bis 10 Minuten vor Schluss mit 1:0, um dann aber noch zwei Tore zu kassieren und im Elfmeterschießen zu verlieren.

Nahtlos hat der Ex-Kapitän der U19-Auswahl, mit der er [[2007]] bei der Heim-EM in Linz kickte, den Wechsel ins U21-Nationalteam geschafft. Mit diesem scheiterte er erst im allerletzten Spiel [[2008]] an der Qualifikation für die Europameisterschaft [[2009]]. Nach einem 2:1-Sieg im Heimspiel gegen Finnland führten die Österreicher auch im Rückspiel bis 10 Minuten vor Schluss mit 1:0, um dann aber noch zwei Tore zu kassieren und im Elfmeterschießen zu verlieren.

Bei 1860 München steht der Mattseer trotz frischen Profivertrags im Herbst 2008 etwas im Abseits. Auf seiner Lieblingsposition im defensiven Mittelfeld kommt er nicht an den Bender-Zwillingen vorbei, und auch sonst kam er in der Herbstmeisterschaft nur zu wenigen Kurzeinsätzen und pendelt zwischen Amateurteam und Auswechselbank bei den Profis. Erst unter dem kurz vor Ende der Saison geholten Trainer Ewald Lienen stand Baumgartlinger in den letzten zwei Spielen wieder in der Startformation. Am [[25. Mai]] [[2009]] wurde sein Wechsel zu Austria Wien offiziell. Eine Woche später berief ihn Teamchef Didi Constantini erstmals in den Kader der Österreichischen Nationalmannschaft ein. Sein Debüt im Nationalteam gab Baumgartlinger dann am [[9. September]] [[2009]] im WM-Qualifikationsspiel gegen Rumänien in Bukarest, das 1:1 endete. Unter Constantinis Nachfolger Marcel Koller gehörte Baumgartlinger zu den Stammspielern und gehörte auch dem Kader für die Europameisterschaft 2016 in Frankreich an. Nach dem Rücktritt von Teamkollege Christian Fuchs folgte der Salzburger diesem als Kapitän nach und führte das Nationalteam am [[05. September]] [[2016]] beim 2:1-Sieg gegen Georgien in Tiflis erstmals aufs Feld.  

Bei 1860 München steht der Mattseer trotz frischen Profivertrags im Herbst 2008 etwas im Abseits. Auf seiner Lieblingsposition im defensiven Mittelfeld kommt er nicht an den Bender-Zwillingen vorbei, und auch sonst kam er in der Herbstmeisterschaft nur zu wenigen Kurzeinsätzen und pendelt zwischen Amateurteam und Auswechselbank bei den Profis. Erst unter dem kurz vor Ende der Saison geholten Trainer Ewald Lienen stand Baumgartlinger in den letzten zwei Spielen wieder in der Startformation. Am [[25. Mai]] [[2009]] wurde sein Wechsel zu Austria Wien offiziell. Eine Woche später berief ihn Teamchef Didi Constantini erstmals in den Kader der Österreichischen Nationalmannschaft ein. Sein Debüt im Nationalteam gab Baumgartlinger dann am [[9. September]] [[2009]] im WM-Qualifikationsspiel gegen [[Rumänien]] in Bukarest, das 1:1 endete. Unter Constantinis Nachfolger Marcel Koller gehörte Baumgartlinger zu den Stammspielern und gehörte auch dem Kader für die Europameisterschaft 2016 in Frankreich an. Nach dem Rücktritt von Teamkollege Christian Fuchs folgte der Salzburger diesem als Kapitän nach und führte das Nationalteam am [[05. September]] [[2016]] beim 2:1-Sieg gegen Georgien in Tiflis erstmals aufs Feld.  

Am [[13. November]] [[2010]] erzielte Baumgartlinger im Heimspiel gegen den SV Kapfenberg sein erstes Tor in der österreichischen Bundesliga.

Am [[13. November]] [[2010]] erzielte Baumgartlinger im Heimspiel gegen den SV Kapfenberg sein erstes Tor in der österreichischen Bundesliga.