Erste Siedler waren vermutlich die [[Taurisker]], die um Christi Geburt Teil des Römischen Österreichs wurden. Nach dem Ende der Römerherrschaft besiedelten Slawen und [[Bajuwaren]] das Tal.
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Erstmals wurde Filzmoos [[1333]] unter dem Namen In dem Viltmoos urkundlich erwähnt. Der Name leitet sich vom einst sehr moosigen und sumpfigen Talboden des Hochtales ab.
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In Filzmoos wurde Bergbau betrieben, wie in anderen Salzburger Bergbaugebieten wurde während der Salzburger Protestantenvertreibung viele Bergleute vertrieben. Filzmoos verlor mehr als die Hälfte seiner Bevölkerung.
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In der Gegenwart ist Filzmoos stark durch den [[Tourismus]] geprägt.