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[[1376]] und [[1387]] versuchten es die  bayerischen Truppen erneut mit einer Belagerung der Stadt. Doch auch diesmal gelang es diesen nicht, den Widerstand der Mühldorfer Bevölkerung zu brechen.

[[1376]] und [[1387]] versuchten es die  bayerischen Truppen erneut mit einer Belagerung der Stadt. Doch auch diesmal gelang es diesen nicht, den Widerstand der Mühldorfer Bevölkerung zu brechen.

Ende des [[15. Jahrhundert]]s war dann vorerst eine friedliche Zeit in Mühldorf angebrochen. Doch [[1495]] fielen knapp die Hälfte der Häuser in der Stadt einem großen Brand zum Opfer. [[1571]] verlegte Erzbischof [[Johann Jakob von Kuen-Belasy]] seine Residenz bis [[1582]] nach Mühldorf, da in [[Altstadt|Salzburg]] die Pest wütete. [[1611]] und [[1634]] brach dann  auch Mühldorf aus und forderte 488 Opfer. Die Stadt hatte sich gerade erst wieder erholt, als [[1640]] die schlimmste dokumentierte Brandkatastrophe Mühldorf in Flammen aufgehen ließ. 80 % der Firste in der Innenstadt wurden dabei zerstört. Acht Jahre später erreichen die letzten Ausläufer des [[Dreißigjähriger Krieg|Dreißigjährigen Krieg]] Mühldorf, als die Schweden die Stadt für drei Wochen besetzten. Um eine Zerstörung durch die Angreifer zu verhindern, wurde die Stadt kampflos der Übermacht von General Wrangel übergeben. Größere Plünderungen konnten zwar vermieden werden, aber die Stadt musste die Verpflegung der Besatzer sicherstellen, was die eigene Notlage noch verstärkte.

Ende des [[15. Jahrhundert]]s war dann vorerst eine friedliche Zeit in Mühldorf angebrochen. Doch [[1495]] fielen knapp die Hälfte der Häuser in der Stadt einem großen Brand zum Opfer. [[1571]] verlegte Erzbischof [[Johann Jakob von Kuen-Belasy]] seine Residenz bis [[1582]] nach Mühldorf, da in [[Altstadt|Salzburg]] die Pest wütete. [[1611]] und [[1634]] brach sie dann  auch in Mühldorf aus und forderte 488 Opfer. Die Stadt hatte sich gerade erst wieder erholt, als [[1640]] die schlimmste dokumentierte Brandkatastrophe Mühldorf in Flammen aufgehen ließ. 80 % der Firste in der Innenstadt wurden dabei zerstört. Acht Jahre später erreichen die letzten Ausläufer des [[Dreißigjähriger Krieg|Dreißigjährigen Krieg]] Mühldorf, als die Schweden die Stadt für drei Wochen besetzten. Um eine Zerstörung durch die Angreifer zu verhindern, wurde die Stadt kampflos der Übermacht von General Wrangel übergeben. Größere Plünderungen konnten zwar vermieden werden, aber die Stadt musste die Verpflegung der Besatzer sicherstellen, was die eigene Notlage noch verstärkte.

Brand, Pest und Besetzungen haben der Stadt wirtschaftlich schwer geschadet und die ersten Jahrzehnte des [[17. Jahrhundert]]s benötigte die Stadt, um sich davon einigermaßen zu erholen. Es war auch die Zeit der Hexenverfolgungen, die [[1749]]  auch Mühldorf erreichten.  Von den Hexenprozessen ist ein Fall vollständig dokumentiert, nämlich jener der 16-jährigen Dienstmagd [[Maria Pauer]], die im August 1749 inhaftiert wurde. Nach Monate langer Inhaftierung im so genannten „Hexenkammerl“ im Mühldorfer Rathaus sowie endlosen Verhandlungen wurde mit dem Urteil vom [[10. September]] [[1750]] vom Salzburger Hofrat die Pauerin für der Hexerei schuldig erkannt und verurteilte sie zur Strafe des Schwertes mit nachgehender Verbrennung der Leiche. Das Todesurteil gegen das Mädchen wurde im Oktober 1750 in Salzburg vollstreckt.

Brand, Pest und Besetzungen haben der Stadt wirtschaftlich schwer geschadet und die ersten Jahrzehnte des [[17. Jahrhundert]]s benötigte die Stadt, um sich davon einigermaßen zu erholen. Es war auch die Zeit der Hexenverfolgungen, die [[1749]]  auch Mühldorf erreichten.  Von den Hexenprozessen ist ein Fall vollständig dokumentiert, nämlich jener der 16-jährigen Dienstmagd [[Maria Pauer]], die im August 1749 inhaftiert wurde. Nach Monate langer Inhaftierung im so genannten „Hexenkammerl“ im Mühldorfer Rathaus sowie endlosen Verhandlungen wurde mit dem Urteil vom [[10. September]] [[1750]] vom Salzburger Hofrat die Pauerin für der Hexerei schuldig erkannt und verurteilte sie zur Strafe des Schwertes mit nachgehender Verbrennung der Leiche. Das Todesurteil gegen das Mädchen wurde im Oktober 1750 in Salzburg vollstreckt.