Als Vizemeister musste der FC Salzburg in dieser Saison in die Qualifikation. Dank des guten UEFA Rankings musste man nur zwei Runden überstehen, um in die neue Ligaphase der UEFA Champions League audzusteigen. In der ersten Runde traf man auf Twente Enschede, Dritter der niederländishen Eredivisie, und besiegte das Team aus dem Heimatland von Trainer Pep Lijnders zu Hause mit 2:1. Ein spannendes 3:3 auswärts sicherte den Aufstieg und ein finales Qualifikationsduell mit dem ukrainischen Vertreter Dynamo Kyiv. Das Hinspiel musste wegen des Ukrainekriegs in Lublin, Polen, ausgetragen werden und es endete mit einem 2:0 Sieg der Salzburger. Zuhause reichte dann eine 1:1 zur Teilnahme an der Champions League Ligaphase.
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Im neuen Format wurden dem FC Salzburg bei der Auslosung vier Heim- und vier Auswärtsspiele zugelost. Der Spielplan wollte es, dass man gegen vier bezwingbare Gegner starten sollte, bevor ab Ende November vier übermächtige Vereine warteten. Doch der Start auswärts gegen Sparta Prag ging am 18. September 2024 mit einer blutleeren Leistung beim 0:3 ordentlich daneben. Es folgte ein ernüchterndes 0:4 Heimdebakel gegen den französischen Vertreter von Stade Brest und ein ebenso bescheidenes 0:2 im Heimspiel gegen Dinamo Zagreb. Erst gegen Feyenoord Rotterdam überraschte die bis dahin auch bereits in der österreichischen Meisterschaft ordenlich gebeutelte Mannschaft mit einem 3:1 Auswärtssieg. Es sollte der einzige Punktegewinn bleiben, denn sowohl auswärts gegen Bayer Leverkusen (0:5) als auch zuhause gegen Paris SG (0:3) war man chancenlos. Kurz vor Weihnachten trennte sich der Verein von Trainer Pep Lijnders, sodass die beiden verbleibenden Spiele im Jänner 2025 auswärts gegen Real Madrid (1:5) und vor Heimpublikum gegen Atletico Madrid (1:4) vom neuen Trainer Thomas Letsch verantwortet wurden.
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Die Ligaphase schloss man mit drei Punkten als 34. von 36 Mannschaften ab, das Torverhältnis von -22 (5:27) war das schlechteste aller Teams, die 27 erhaltenen Tore gemeinsam mit Slovan Bratislava der Negativwert, die 5 geschossenen Tore wurden nur von vier Mannschaften egalisiert oder unterboten.