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Am  [[22. Oktober]] [[1657]] erhielt er den Auftrag an die Benediktineruniversität  Salzburg zu gehen, um dort die Professur für spekulative Theologie und Exegese zu übernehmen und seine theologischen Studien zu vollenden. Am [[8. Jänner]] [[1658]] promovierte er zum Magister der Theologie. Damit wurde er fürstbischöflicher geistlicher Rat und kaiserlicher Notar, während acht Jahren war er Vizerektor des dortigen Kollegs, ein Jahr war er auch Dekan der theologischen Fakultäten. [[1667]] musste er ins Kloster Einsiedeln zurückkehren, da ihn der Abt nach Rom senden wollte. Wegen der Krankheit des Abtes wurde er mit verschiedenen Ämtern betraut, am 15. Februar 1671 wurde er als Pfarrer nach Münsterlingen berufen.

Am  [[22. Oktober]] [[1657]] erhielt er den Auftrag an die Benediktineruniversität  Salzburg zu gehen, um dort die Professur für spekulative Theologie und Exegese zu übernehmen und seine theologischen Studien zu vollenden. Am [[8. Jänner]] [[1658]] promovierte er zum Magister der Theologie. Damit wurde er fürstbischöflicher geistlicher Rat und kaiserlicher Notar, während acht Jahren war er Vizerektor des dortigen Kollegs, ein Jahr war er auch Dekan der theologischen Fakultäten. [[1667]] musste er ins Kloster Einsiedeln zurückkehren, da ihn der Abt nach Rom senden wollte. Wegen der Krankheit des Abtes wurde er mit verschiedenen Ämtern betraut, am 15. Februar 1671 wurde er als Pfarrer nach Münsterlingen berufen.

Der Erzbischof von Salzburg ersuchte um seine Rückkehr nach Salzburg, da er an den Wallfahrtsort [[Maria Plain]] gehen sollte. Pater Bernhard kam  noch vor Ende des Jahres 1671 zurück  nach Salzburg. In Maria Plain sollten sich jüngere Kräfte für das Lehramt an der Universität vorbereiten, während sich ältere Professoren dahin zurückzogen und sich der  Wallfahrtsseelsorge widmeten.

Der [[Salzburger Erzbischof|Erzbischof von Salzburg]] ersuchte um seine Rückkehr nach Salzburg, da er an den Wallfahrtsort [[Maria Plain]] gehen sollte. Pater Bernhard kam  noch vor Ende des Jahres 1671 zurück  nach Salzburg. In Maria Plain sollten sich jüngere Kräfte für das Lehramt an der Universität vorbereiten, während sich ältere Professoren dahin zurückzogen und sich der  Wallfahrtsseelsorge widmeten.

Im September [[1681]]  ernannte ihn der Fürsterzbischof zum Beichtvater im [[Benediktinenstift Nonnberg]]. Am [[1. Juli]] [[1691]] feierte Waibl seine Sekundiz (50 jähriges Priesterjubiläum) in Anwesenheit des [[Johann Ernst Graf von Thun und Hohenstein|Fürsterzbischofs Johann Ernest von Thun]]. Da er an seinem Lebensabend erblindete und schwerhörig wurde, musste er vom Posten eines Beichtvaters zurücktreten, blieb aber am Nonnberg und starb im Stift an Altersschwäche. Er wurde in der [[St. Josefskapelle]] beigesetzt.

Im September [[1681]]  ernannte ihn der Fürsterzbischof zum Beichtvater im [[Benediktinenstift Nonnberg]]. Am [[1. Juli]] [[1691]] feierte Waibl seine Sekundiz (50 jähriges Priesterjubiläum) in Anwesenheit des [[Johann Ernst Graf von Thun und Hohenstein|Fürsterzbischofs Johann Ernest von Thun]]. Da er an seinem Lebensabend erblindete und schwerhörig wurde, musste er vom Posten eines Beichtvaters zurücktreten, blieb aber am Nonnberg und starb im Stift an Altersschwäche. Er wurde in der [[St. Josefskapelle]] beigesetzt.