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Am [[25. August]] [[2009]] feierte er im Champions League Qualifikations Rückspiel bei Maccabi Haifa seinen Premiereneinsatz in der ersten Mannschaft, und das gleich im Europacup und von Beginn an. Obwohl Red Bull mit 0:3 verlor, zählte Ilsanker noch zu den besseren Spielern an diesem Abend.

Am [[25. August]] [[2009]] feierte er im Champions League Qualifikations Rückspiel bei Maccabi Haifa seinen Premiereneinsatz in der ersten Mannschaft, und das gleich im Europacup und von Beginn an. Obwohl Red Bull mit 0:3 verlor, zählte Ilsanker noch zu den besseren Spielern an diesem Abend.

Zu Beginn der Saison [[2010]]/[[2011|11]] wechselte Stefan Ilsanker zum SV Mattersburg. Zwei Jahre später wird er im Sommer wieder zu Red Bull Salzburg zurückkehren. Nach einer hervorragenden Herbstsaison, in der er einen Fixplatz im defensiven Mittelfeld inne hatte, wurde am 26. Februar 2014 vom FC Red Bull Salzburg sein Vertrag vorzeitig bis 2018 verlängert.  

Zu Beginn der Saison [[2010]]/[[2011|11]] wechselte Stefan Ilsanker zum SV Mattersburg. Zwei Jahre später wird er im Sommer wieder zu Red Bull Salzburg zurückkehren. Nach einer hervorragenden Herbstsaison, in der er einen Fixplatz im defensiven Mittelfeld inne hatte, wurde am 26. Februar 2014 vom FC Red Bull Salzburg sein Vertrag vorzeitig bis 2018 verlängert. Seine konstant guten Leistungen brachten ihn in den Fokus von ÖFB-Teamchef Marcel Koller. Am [[30. Mai]] [[2015]] spielte Stefan Ilsanker in Innsbruck gegen Island bei einem 1:1 erstmals im österreichischen A-Nationalteam.  

Ab der Saison 2015/16 war Ilsanker bei Rasenballsport Leizpig in Deutschland tätig.

Ab der Saison 2015/16 war Ilsanker bei Rasenballsport Leizpig in Deutschland tätig.