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In der Osterwoche [[1585]] ernannte [[Fürsterzbischof]] [[Johann Jakob Kuen von Belasy]] Martin Brenner zum Bischof von Seckau. Außerdem wurde Brenner im Juni 1585 in den steirischen Landtag aufgenommen. [[1591]] wurde Brenner zum Generalvikar des [[Salzburger Kirchenprovinz|steirischen Diözesangebietes Salzburg]]. [[1595]] wurde sein [[Bistum Seckau]] durch eine Schenkung Fürsterzbischof [[Wolf Dietrich von Raitenau|Wolf Dietrichs]] um [[Schloss Seggau]] und die Herrschaft Leibnitz vergrößert.

In der Osterwoche [[1585]] ernannte [[Fürsterzbischof]] [[Johann Jakob Kuen von Belasy]] Martin Brenner zum Bischof von Seckau. Außerdem wurde Brenner im Juni 1585 in den steirischen Landtag aufgenommen. [[1591]] wurde Brenner zum Generalvikar des [[Salzburger Kirchenprovinz|steirischen Diözesangebietes Salzburg]]. [[1595]] wurde sein [[Bistum Seckau]] durch eine Schenkung Fürsterzbischof [[Wolf Dietrich von Raitenau|Wolf Dietrichs]] um [[Schloss Seggau]] und die Herrschaft Leibnitz vergrößert.

Brenner setzte sich auf dem [[Immerwährender Reichstag in Regensburg|Regensburger Reichstag]] von [[1597]] bis [[1598]] für die Förderung der steirischen Grenzgebiete zur Abwehr der Türkengefahr ein, lehnte jedoch das ihm 1597 angetragene Amt als Statthalter von Innerösterreich ab. Vielmehr unterstützte er Erzherzog Ferdinand bei der Durchführung der Gegenreformation. In der Steiermark und Oberkärnten wurden [[Protestanten|lutherische Prediger]] durch militärische verstärkte Kommissionen vertrieben und reformatorische Bücher verbrannt. Die Gläubigen mussten einen Eid auf den katholischen Glauben leisten oder wurden zur Auswanderung gezwungen. Brenner, der seit [[1600]] die Führung über die Religions-Reformationskommissionen hatte, vollbrachte die Gegenreformation der gesamten Steiermark binnen eines halben Jahres und wurde der "Malleus haereticorum“ (Ketzerhammer) genannt. Wegen seiner Predigten und der Reform des Klerus bekam er in der katholischen Kirche den Titel "Apostel der Steiermark“.

Brenner setzte sich auf dem [[Immerwährender Reichstag in Regensburg|Regensburger Reichstag]] von [[1597]] bis [[1598]] für die Förderung der steirischen Grenzgebiete zur Abwehr der Türkengefahr ein, lehnte jedoch das ihm 1597 angetragene Amt als Statthalter von Innerösterreich ab. Vielmehr unterstützte er Erzherzog Ferdinand bei der Durchführung der Gegenreformation. In der Steiermark und Oberkärnten wurden [[Protestanten|lutherische Prediger]] durch militärische verstärkte Kommissionen vertrieben und reformatorische Bücher verbrannt. Die Gläubigen mussten einen Eid auf den katholischen Glauben leisten oder wurden zur Auswanderung gezwungen. Brenner, der seit [[1600]] die Führung über die Religions-Reformationskommissionen hatte, vollbrachte die Gegenreformation der gesamten Steiermark binnen eines halben Jahres und wurde der "Malleus haereticorum" (Ketzerhammer) genannt. Wegen seiner Predigten und der Reform des Klerus bekam er in der katholischen Kirche den Titel "Apostel der Steiermark".

In seinen späten Jahren verhinderten Brenners Körperfülle und einige darauf zurückzuführende Leiden die Umsetzung einiger seiner Vorhaben. So konnte er an einigen Prozessionen nicht mehr teilnehmen und zur Berichterstattung über sein Amt auch [[1608]] nicht mehr nach Rom reisen. [[1609]] wurde er geheimer Rat, legte jedoch aus gesundheitlichen Gründen gegen seine Ernennung Protest ein. [[1612]] versuchte er vergeblich, das Generalvikariat abzugeben. [[1615]] verzichtete er schließlich auf das Bischofsamt zugunsten seines Neffen [[Jakob Eberlein]], blieb aber vorläufig als Altbischof noch am Bischofssitz. Im Sommer [[1616]] zog er sich auf das Landgut Retzhof bei Leibnitz zurück, wo er alsbald erkrankte und am 14. Oktober verstarb. Sein Leichnam wurde nach einem Aufschub wegen des eben stattfindenden Landtages am [[10. November]] 1616 nach Seckau überführt, wo er am Folgetag in der Bischofskapelle beigesetzt wurde.

In seinen späten Jahren verhinderten Brenners Körperfülle und einige darauf zurückzuführende Leiden die Umsetzung einiger seiner Vorhaben. So konnte er an einigen Prozessionen nicht mehr teilnehmen und zur Berichterstattung über sein Amt auch [[1608]] nicht mehr nach Rom reisen. [[1609]] wurde er geheimer Rat, legte jedoch aus gesundheitlichen Gründen gegen seine Ernennung Protest ein. [[1612]] versuchte er vergeblich, das Generalvikariat abzugeben. [[1615]] verzichtete er schließlich auf das Bischofsamt zugunsten seines Neffen [[Jakob Eberlein]], blieb aber vorläufig als Altbischof noch am Bischofssitz. Im Sommer [[1616]] zog er sich auf das Landgut Retzhof bei Leibnitz zurück, wo er alsbald erkrankte und am 14. Oktober verstarb. Sein Leichnam wurde nach einem Aufschub wegen des eben stattfindenden Landtages am [[10. November]] 1616 nach Seckau überführt, wo er am Folgetag in der Bischofskapelle beigesetzt wurde.