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Winkler studierte Fachtheologie, Deutsche Philologie, Alte Geschichte und Religionspädagogik – Mag. phil. (Graz 1989), Certificate in Ecumenical Studies (Genf 1990), Mag.theol. (Graz 1991), Dr.theol. (Innsbruck 1995), Diploma in Syriac Language (Kottayam/Indien 1998). Von 1991 bis 2000 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Liturgiewissenschaft, Christliche Kunst und Hymnologie der Universität Graz. Im Jahr 2000 habilitierte er sich an der Universität Graz für Patrologie, Dogmengeschichte und Ökumenische Theologie.

Winkler studierte Fachtheologie, Deutsche Philologie, Alte Geschichte und Religionspädagogik – Mag. phil. (Graz 1989), Certificate in Ecumenical Studies (Genf 1990), Mag.theol. (Graz 1991), Dr.theol. (Innsbruck 1995), Diploma in Syriac Language (Kottayam/Indien 1998). Von 1991 bis 2000 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Liturgiewissenschaft, Christliche Kunst und Hymnologie der Universität Graz. Im Jahr 2000 habilitierte er sich an der Universität Graz für Patrologie, Dogmengeschichte und Ökumenische Theologie.

Nach verschiedenen Lehr- und Forschungstätigkeiten im In- und Ausland – 1998 ''Visiting-Scholar'' an der Mahatma Ghandi University (Kerala/Indien); 2001 ''Fulbright-Scholar'' an der ''St. John’s University'' (Minnesota, [[USA]]); 2002/03 Professor für Patrologie an der Philosophisch-Theologischen Hochschule Heiligenkreuz, Lehrtätigkeit an den Universitäten Graz und Salzburg, 2003-2005 ''Visiting Professor'' und ''Associate Director'' der ''Division of Religious and Theological Studies'' an der ''Boston University'' (Massachusetts, USA) – ist er seit 2005 Professor für Patristik und Kirchengeschichte in Salzburg.  

Nach verschiedenen Lehr- und Forschungstätigkeiten im In- und Ausland – 1998 ''Visiting-Scholar'' an der Mahatma Ghandi University (Kerala/Indien); 2001 ''Fulbright-Scholar'' an der ''St. John’s University'' (Minnesota, [[USA]]); 2002/03 Professor für Patrologie an der Philosophisch-Theologischen Hochschule Heiligenkreuz, Lehrtätigkeit an den Universitäten Graz und Salzburg, 2003-2005 ''Visiting Professor'' und ''Associate Director'' der ''Division of Religious and Theological Studies'' an der ''Boston University'' (Massachusetts, USA) – ist er seit 2005 Professor für Patristik und Kirchengeschichte in Salzburg. 2012 Gastforscher am ''Center for the Study of World Religions'' der ''Harvard University''.  

Seine Arbeitsschwerpunkte sind Orientalische Patristik und Historische Theologie, Geschichte und Gegenwart der Ostkirchen (Naher Osten, Europa, Nordamerika) sowie Katholische Kirche seit dem Zweiten Vatikanischen Konzil mit Fokus auf Dialog und Ökumene. Winkler ist spezialisiert auf Geschichte, Theologie und Kultur des syrischen, koptischen, armenischen, äthiopischen und indischen (malankara) Christentums. Er ist Leiter des ''ZECO - Zentrum zur Erforschung des Christlichen Ostens'' der Universität Salzburg, Konsultor im ''Päpstlichen Rat zur Förderung der Einheit der Christen'' und Vorsitzender der [[Stiftung Pro Oriente Sektion Salzburg]].

Seine Arbeitsschwerpunkte sind Orientalische Patristik und Historische Theologie, Geschichte und Gegenwart der Ostkirchen (Naher Osten, Europa, Nordamerika) sowie Katholische Kirche seit dem Zweiten Vatikanischen Konzil mit Fokus auf Dialog und Ökumene. Winkler ist spezialisiert auf Geschichte, Theologie und Kultur des syrischen, koptischen, armenischen, äthiopischen und indischen (malankara) Christentums. Er ist Leiter des ''ZECO - Zentrum zur Erforschung des Christlichen Ostens'' der Universität Salzburg, Konsultor im ''Päpstlichen Rat zur Förderung der Einheit der Christen'' und Vorsitzender der [[Stiftung Pro Oriente Sektion Salzburg]].