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In dieser Phase (1986 bis 1988) absolvierte Stöger, aufgrund der Empfehlung der damaligen Vereinsverantwortlichen (z. B. Hanspeter Moitzi), diverse Trainerausbildungen, die mit der UEFA A-Lizenz Trainerprüfung beendet wurde. Er schaffte dies als einer der damals jüngsten Absolventen des ÖFB Trainer- und Kursreferates, dass unter der Leitung von Georg Schmidt, Gerhard Hitzel und Paul Gludovatz stand.

In dieser Phase (1986 bis 1988) absolvierte Stöger, aufgrund der Empfehlung der damaligen Vereinsverantwortlichen (z. B. Hanspeter Moitzi), diverse Trainerausbildungen, die mit der UEFA A-Lizenz Trainerprüfung beendet wurde. Er schaffte dies als einer der damals jüngsten Absolventen des ÖFB Trainer- und Kursreferates, dass unter der Leitung von Georg Schmidt, Gerhard Hitzel und Paul Gludovatz stand.

Die verschiedenen Positionen im Fußballsport, bzw. deren Aufgaben-/Tätigkeitsfelder erlernte er bereits in jungen Jahren bereits „''von der Pike auf''“, begann nach seiner Spieleraktivität als Jugendtrainer bei seinem Stammverein, startete damit seine Trainerlaufbahn.  SV Casino Austria Salzburg  holte den damals sehr jungen Trainer im Jahr 1988 für den Jugendbereich, auch dort trainierte er folglich alle Altersstufen, strukturierte und setzte die Neuorganisation der damaligen Jugendabteilung um. Der damalige „Finanzchef“ Richard Müller aus [[Puch bei Hallein]], betraute Stöger mit diesen Aufgaben bereits in dessen zweiten Saison (1988/89) beim Verein. Gemeinsam mit weiteren Vereinsverantwortlichen gelang es Stöger, das damals vom „ÖFB“ neu ins Leben gerufene [[Bundesnachwuchszentrum|Bundesliga-Nachwuchs-Zentrum (BNZ)]] für die „Violetten“ aus [[Lehen]], gegenüber der Konkurrenzvereine [[SAK 1914]] und [[FC Salzburg (Taxham)]], nach intensiven Verhandlungen, an Land zu ziehen. Hauptberuflich war er zu dieser Zeit noch beim [[Salzburger Fußball-Verband]] als Sekretär tätig, bis er vom  SV Casino Austria Salzburg  von dort abgeworben wurde und ihm nun „offiziell“ neben der Führung der Jugendabteilung, auch die des  Nachwuchszentrums (BNZ)und der Amateure (U-21) übertragen wurde. Neben seiner Trainertätigkeit im Bundesnachwuchszentrum (BNZ)] übernahm er damit die Leitung dieser Verantwortungsbereiche als Sportlicher Leiter/Adminstrator, bzw. „''Youth Manager''“. Mit der wirtschaftlichen Unterstützung des damals gegründeten [[SV Austria Salzburg Amateure|„Fördervereins Kick-Off"]] und dessen Vorstand (Dr. [[Wolfgang Gmachl]], KR F. Steinocher, R. Michelag, [[Peter Haubner]]) galt das  BNZ Salzburg  in den folgenden Jahren zu den TOP-Nachwuchszentren in Österreich. Höhepunkt waren hier der U-16 BNZ Totoliga Cup-Sieg sowie in der Saison 1995/96 der österreichische U-16 Meistertitel in der damaligen BNZ Totoliga.

Die verschiedenen Positionen im Fußballsport, bzw. deren Aufgaben-/Tätigkeitsfelder erlernte er bereits in jungen Jahren bereits „''von der Pike auf''“, begann nach seiner Spieleraktivität als Jugendtrainer bei seinem Stammverein, startete damit seine Trainerlaufbahn.  SV Casino Austria Salzburg  holte den damals sehr jungen Trainer im Jahr 1988 für den Jugendbereich, auch dort trainierte er folglich alle Altersstufen, strukturierte und setzte die Neuorganisation der damaligen Jugendabteilung um. Der damalige „Finanzchef“ Richard Müller aus [[Puch bei Hallein]], betraute Stöger mit diesen Aufgaben bereits in dessen zweiten Saison (1988/89) beim Verein. Gemeinsam mit weiteren Vereinsverantwortlichen gelang es Stöger, das damals vom „ÖFB“ neu ins Leben gerufene [[Bundesnachwuchszentrum|Bundesliga-Nachwuchs-Zentrum (BNZ)]] für die „Violetten“ aus [[Lehen (Stadt Salzburg)|Lehen]], gegenüber der Konkurrenzvereine [[SAK 1914]] und [[FC Salzburg (Taxham)]], nach intensiven Verhandlungen, an Land zu ziehen. Hauptberuflich war er zu dieser Zeit noch beim [[Salzburger Fußball-Verband]] als Sekretär tätig, bis er vom  SV Casino Austria Salzburg  von dort abgeworben wurde und ihm nun „offiziell“ neben der Führung der Jugendabteilung, auch die des  Nachwuchszentrums (BNZ)und der Amateure (U-21) übertragen wurde. Neben seiner Trainertätigkeit im Bundesnachwuchszentrum (BNZ)] übernahm er damit die Leitung dieser Verantwortungsbereiche als Sportlicher Leiter/Adminstrator, bzw. „''Youth Manager''“. Mit der wirtschaftlichen Unterstützung des damals gegründeten [[SV Austria Salzburg Amateure|„Fördervereins Kick-Off"]] und dessen Vorstand (Dr. [[Wolfgang Gmachl]], KR F. Steinocher, R. Michelag, [[Peter Haubner]]) galt das  BNZ Salzburg  in den folgenden Jahren zu den TOP-Nachwuchszentren in Österreich. Höhepunkt waren hier der U-16 BNZ Totoliga Cup-Sieg sowie in der Saison 1995/96 der österreichische U-16 Meistertitel in der damaligen BNZ Totoliga.

Stöger verließ im Anschluss (aufgrund familiärer Umstände, sowie auf eigenen Wunsch) den  SV Wüstenrot Austria Salzburg. Nach einer entsprechenden Pause lagen zwar Angebote seitens des FC Wacker Innsbruck und SK Sturm Graz vor, die sich jedoch kurz vor der Finalisierung, u.a. durch das damalige „Bosman“-Urteil und der damit verbundenen Umstrukturierung der Vereine, zerschlugen. Er kehrte kurz zu seinem Stammverein LSV Salzburg zurück, stieg dort als Trainer in den Herrenbereich ein und reorganisierte die dortige Jugendabteilung im besonders großen Ausmaß (quantitativ und qualitativ).  

Stöger verließ im Anschluss (aufgrund familiärer Umstände, sowie auf eigenen Wunsch) den  SV Wüstenrot Austria Salzburg. Nach einer entsprechenden Pause lagen zwar Angebote seitens des FC Wacker Innsbruck und SK Sturm Graz vor, die sich jedoch kurz vor der Finalisierung, u.a. durch das damalige „Bosman“-Urteil und der damit verbundenen Umstrukturierung der Vereine, zerschlugen. Er kehrte kurz zu seinem Stammverein LSV Salzburg zurück, stieg dort als Trainer in den Herrenbereich ein und reorganisierte die dortige Jugendabteilung im besonders großen Ausmaß (quantitativ und qualitativ).