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Ende des [[15. Jahrhundert]]s war dann vorerst eine friedliche Zeit in Mühldorf angebrochen. Doch [[1495]] fielen knapp die Hälfte der Häuser in der Stadt einem großen Brand zum Opfer. [[1571]] verlegte Erzbischof [[Johann Jakob von Kuen-Belasy]] seine Residenz bis [[1582]] nach Mühldorf, da in [[Altstadt|Salzburg]] die Pest wütete. [[1611]] und [[1634]] brach dann  auch Mühldorf aus und forderte 488 Opfer. Die Stadt hatte sich gerade erst wieder erholt, als [[1640]] die schlimmste dokumentierte Brandkatastrophe Mühldorf in Flammen aufgehen ließ. 80 % der Firste in der Innenstadt wurden dabei zerstört. Acht Jahre später erreichen die letzten Ausläufer des [[Dreißigjähriger Krieg|Dreißigjährigen Krieg]] Mühldorf, als die Schweden die Stadt für drei Wochen besetzten. Um eine Zerstörung durch die Angreifer zu verhindern, wurde die Stadt kampflos der Übermacht von General Wrangel übergeben. Größere Plünderungen konnten zwar vermieden werden, aber die Stadt musste die Verpflegung der Besatzer sicherstellen, was die eigene Notlage noch verstärkte.

Ende des [[15. Jahrhundert]]s war dann vorerst eine friedliche Zeit in Mühldorf angebrochen. Doch [[1495]] fielen knapp die Hälfte der Häuser in der Stadt einem großen Brand zum Opfer. [[1571]] verlegte Erzbischof [[Johann Jakob von Kuen-Belasy]] seine Residenz bis [[1582]] nach Mühldorf, da in [[Altstadt|Salzburg]] die Pest wütete. [[1611]] und [[1634]] brach dann  auch Mühldorf aus und forderte 488 Opfer. Die Stadt hatte sich gerade erst wieder erholt, als [[1640]] die schlimmste dokumentierte Brandkatastrophe Mühldorf in Flammen aufgehen ließ. 80 % der Firste in der Innenstadt wurden dabei zerstört. Acht Jahre später erreichen die letzten Ausläufer des [[Dreißigjähriger Krieg|Dreißigjährigen Krieg]] Mühldorf, als die Schweden die Stadt für drei Wochen besetzten. Um eine Zerstörung durch die Angreifer zu verhindern, wurde die Stadt kampflos der Übermacht von General Wrangel übergeben. Größere Plünderungen konnten zwar vermieden werden, aber die Stadt musste die Verpflegung der Besatzer sicherstellen, was die eigene Notlage noch verstärkte.

Brand, Pest und Besetzungen haben der Stadt wirtschaftlich schwer geschadet und die ersten Jahrzehnte des [[17. Jahrhundert]]s benötigte die Stadt, um sich davon einigermaßen zu erholen. Es war auch die Zeit der Hexenverfolgungen, die [[1749]]  auch Mühldorf erreichten.  Von den Hexenprozessen ist aber der Fall,  der vollständig dokumentiert ist, ist der der 16-jährigen Dienstmagd Maria Pauer, die im August 1749 inhaftiert wurde. Nach Monate langer Inhaftierung im so genannten „Hexenkammerl“ im Mühldorfer Rathaus sowie endlosen Verhandlungen wurde mit dem Urteil vom [[10. September]] [[1750]] vom Salzburger Hofrat die Pauerin für der Hexerei schuldig erkannt und verurteilte sie zur Strafe des Schwertes mit nachgehender Verbrennung der Leiche. Das Todesurteil gegen das Mädchen wurde im Oktober 1750 in Salzburg vollstreckt.

Brand, Pest und Besetzungen haben der Stadt wirtschaftlich schwer geschadet und die ersten Jahrzehnte des [[17. Jahrhundert]]s benötigte die Stadt, um sich davon einigermaßen zu erholen. Es war auch die Zeit der Hexenverfolgungen, die [[1749]]  auch Mühldorf erreichten.  Von den Hexenprozessen ist aber der Fall,  der vollständig dokumentiert ist, ist der der 16-jährigen Dienstmagd [[Maria Pauer]], die im August 1749 inhaftiert wurde. Nach Monate langer Inhaftierung im so genannten „Hexenkammerl“ im Mühldorfer Rathaus sowie endlosen Verhandlungen wurde mit dem Urteil vom [[10. September]] [[1750]] vom Salzburger Hofrat die Pauerin für der Hexerei schuldig erkannt und verurteilte sie zur Strafe des Schwertes mit nachgehender Verbrennung der Leiche. Das Todesurteil gegen das Mädchen wurde im Oktober 1750 in Salzburg vollstreckt.

Auch die letzten Jahre unter erzbischöflicher Herrschaft waren wiederum von Krieg gekennzeichnet. Um die Wende zum [[19. Jahrhundert]] stand Europa im Zeichen der Koalitionskriege und auch Mühldorf blieb davon nicht verschont. Am [[12. Oktober]] [[1800]] wurde die auf Seiten der Österreicher stehende Stadt von den Franzosen besetzt und die Österreicher wurden in die Flucht geschlagen. Die Besatzung sollte erst im April [[1801]] zu Ende gehen. Die lange Besetzung erwies sich für die Stadt als finanzielle Katastrophe.

Auch die letzten Jahre unter erzbischöflicher Herrschaft waren wiederum von Krieg gekennzeichnet. Um die Wende zum [[19. Jahrhundert]] stand Europa im Zeichen der Koalitionskriege und auch Mühldorf blieb davon nicht verschont. Am [[12. Oktober]] [[1800]] wurde die auf Seiten der Österreicher stehende Stadt von den Franzosen besetzt und die Österreicher wurden in die Flucht geschlagen. Die Besatzung sollte erst im April [[1801]] zu Ende gehen. Die lange Besetzung erwies sich für die Stadt als finanzielle Katastrophe.