Nach der Übernahme durch Red Bull kam es zu heftigen Auseinandersetzungen zwischen Fans und Vereinsführung, vor allen wegen der Änderung des Namens und der Vereinsfarben. Die Streitereien mündeten in die Gründung eines neuen Vereines unter dem Namen Sportvereinigung Austria Salzburg.
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Im Sommer 2012 hatte der FC Red Bull Salzburg 42 offizielle Fanklubs. Die wohl derzeit aktivsten Fanclubs sind die Bullenfront, Collectivo, Kommando Salzburg und Raging Bulls.