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Am [[1. Dezember]] [[1799]] kehrte er als Stiftsdechant in seine Heimatgemeinde zurück. Eine seiner ersten Handlungen war die Weihe der [[Pfarrkirche St. Leonhard (Plainfeld)|Vikariatskirche Plainfeld]], die in der ersten Adventwoche 1799 stattfand.  

Am [[1. Dezember]] [[1799]] kehrte er als Stiftsdechant in seine Heimatgemeinde zurück. Eine seiner ersten Handlungen war die Weihe der [[Pfarrkirche St. Leonhard (Plainfeld)|Vikariatskirche Plainfeld]], die in der ersten Adventwoche 1799 stattfand.  

Dramatisch war aber vor allem der Einfluss der [[Befreiungskriege (Überblick)|Napoleonischen Kriege]] auf die Geschicke des Stifts. So musste sich das Stift an den Kriegskosten beteiligen. [[1801]] wurde die Stiftskasse gestohlen. Unter dem neuen Landesherrn [[Ferdinand III.|Ferdinand von Toskana]] bestand das Kollegiatstift zunächst weiter, mit dem Übergang Salzburgs an Österreich wurde es jedoch [[1806]] aufgehoben. [[1812]] − nun gehörte Salzburg zu [[Bayern]] − wurden die wichtigsten Archivalien nach München verfrachtet und die Pfarre Seekirchen wieder dem [[Dekanat Köstendorf]] einverleibt.

Dramatisch war aber vor allem der Einfluss der [[Befreiungskriege (Überblick)|Napoleonischen Kriege]] auf die Geschicke des Stifts. So musste sich das Stift an den Kriegskosten beteiligen. [[1801]] wurde die Stiftskasse gestohlen. Unter dem neuen Landesherrn [[Ferdinand III. von Toskana]] bestand das Kollegiatstift zunächst weiter, mit dem Übergang Salzburgs an Österreich wurde es jedoch [[1806]] aufgehoben. [[1812]] − nun gehörte Salzburg zu [[Bayern]] − wurden die wichtigsten Archivalien nach München verfrachtet und die Pfarre Seekirchen wieder dem [[Dekanat Köstendorf]] einverleibt.

Stiftsdechant Winklhofer resignierte daraufhin am [[10. Juni]] [[1812]] freiwillig und übersiedelte als Vikar nach [[Maria Alm]]. Es folgten Aufenthalte in den [[Flachgau]]er Gemeinden [[Koppl]] und [[Hallwang]], bevor er [[1821]] als Inkuratkanonikatsprovisor nach Seekirchen zurückkehrte und die Wiedererrichtung des Kollegiatstifts zu erreichen versuchte. Dieses letzte Ziel auf seinem Lebensweg blieb ihm jedoch versagt, da er einige Jahre vor der Reorganisation des Stifts [[1826]] starb.

Stiftsdechant Winklhofer resignierte daraufhin am [[10. Juni]] [[1812]] freiwillig und übersiedelte als Vikar nach [[Maria Alm]]. Es folgten Aufenthalte in den [[Flachgau]]er Gemeinden [[Koppl]] und [[Hallwang]], bevor er [[1821]] als Inkuratkanonikatsprovisor nach Seekirchen zurückkehrte und die Wiedererrichtung des Kollegiatstifts zu erreichen versuchte. Dieses letzte Ziel auf seinem Lebensweg blieb ihm jedoch versagt, da er einige Jahre vor der Reorganisation des Stifts [[1826]] starb.