Der ursprüngliche steinerne Tabernakel anstelle eines Hochaltares wurde [[1738]] abgebrochen und stattdessen ein Altar von [[Josef Anton Pfaffinger ]] mit Engelfiguren und den drei Allegorien von Glauben (mittig) Hoffnung und Liebe neu gestaltet. Die mittigen Seitenaltäre besitzen Altarblätter von [[Johann Michael Rottmayr]] und zeigen die Heiligen Borromäus und den Universitätsheiligen Benedikt. Die weiteren Seitenaltäre sind den vier Fakultätsheiligen geweiht.
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Der ursprüngliche steinerne Tabernakel anstelle eines Hochaltares wurde [[1738]] abgebrochen und stattdessen ein Altar von [[Josef Anton Pfaffinger ]] mit Engelfiguren und den drei Allegorien von Glauben (mittig) Hoffnung und Liebe neu gestaltet. Die beiden mittigen Querschiffaltäre sind mit je einem Altarblatt von J[[ohann Michael Rottmayr]] ausgestaltet. Sie zeigen den damals wichtigsten Stadtheiligen, Borromäus bei [[Pest]]kranken und den Universitätsheiligen Benedikt, heidnische Fürsten taufend. Alle Altäre sind Werke des Hoftischlers [[Simon Thaddäus Baldauf]] (* 1677; † 1753) aus Au am Inn, und des Fassmalers [[Peter Paul Perwanger]].
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Die mittigen Seitenaltäre besitzen Altarblätter von [[Johann Michael Rottmayr]] und zeigen die Heiligen Borromäus und den Universitätsheiligen Benedikt. Die weiteren Seitenaltäre sind den vier Fakultätsheiligen geweiht.
* Die Kapelle des heiligen Thomas von Aquin im Südosten repräsentiert die Theologie.
* Die Kapelle des heiligen Thomas von Aquin im Südosten repräsentiert die Theologie.