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Die vorschnelle Resignation bereute Bernhard von Rohr bald und widerrief seine Zusage. Der Kaiser war darauf ungehalten und erhöhte den Druck auf den Fürsterzbischof. Er trieb diesen dazu, ein Bündnis mit dem kaiserfeindlichen ungarischen König Matthias Corvinus einzugehen und räumte dabei im Vertrag von [[1479]] dem Ungarnkönig seine Burgen in [[Kärnten]] und der [[Steiermark]] ein, was zu langen und blutigen bürgerkriegsähnlichen Unruhen führte. Erst am [[29. November]] [[1481]] dankte Bernhard von Rohr als regierender Fürst endgültig ab, behielt aber lebenslang den Titel eines Fürsterzbischofs von Salzburg.  

Die vorschnelle Resignation bereute Bernhard von Rohr bald und widerrief seine Zusage. Der Kaiser war darauf ungehalten und erhöhte den Druck auf den Fürsterzbischof. Er trieb diesen dazu, ein Bündnis mit dem kaiserfeindlichen ungarischen König Matthias Corvinus einzugehen und räumte dabei im Vertrag von [[1479]] dem Ungarnkönig seine Burgen in [[Kärnten]] und der [[Steiermark]] ein, was zu langen und blutigen bürgerkriegsähnlichen Unruhen führte. Erst am [[29. November]] [[1481]] dankte Bernhard von Rohr als regierender Fürst endgültig ab, behielt aber lebenslang den Titel eines Fürsterzbischofs von Salzburg.  

Sein Rücktritt und die Ernennung von [[Johann III. Beckenschlager|Johann Beckenschlager]] zum Fürsterzbischof führte zu neuen Spannungen: Bayrische Parteigänger wollten die Ernennung von Johann Beckenschlager nicht hinnehmen und förderten maßgeblich die Wahl eines Gegenerzbischofs durch die Salzburger [[Domherr]]en, [[Christoph Ebran von Wildenberg]], maßgebliche Schlüsselfigur der Salzburger Diplomatie. Ebran von Wildenberg konnte sich aber in der Folge als Gegenerzbischof gegen den Gefolgsmann des Kaisers nicht durchsetzen und wurde vom Papst exkommuniziert.  

Sein Rücktritt und die Ernennung von [[Johann III. Beckenschlager|Johann Beckenschlager]] zum Fürsterzbischof-Administrator führte zu neuen Spannungen: Bayrische Parteigänger wollten die Ernennung von Johann Beckenschlager nicht hinnehmen und förderten maßgeblich die (erfolglose) Wahl des Erzbischofs und Salzburger [[Domherr]]en, [[Christoph Ebran von Wildenberg]]. Die heimliche Wahl von Ebran von Wildenberg zum Erzbischof hinter deem Rücken des Administrators Beckenschalger in Mühldorf am Inn wurde aber weder vom Kaiser noch von Papst anerkannt. Ebran konnte sich nicht durchsetzen und wurde samt seinen Anhängern vom Papst exkommuniziert.  

Bernhard von Rohr übernahm zur teilweisen Abgeltung der vereinbaren Entschädigungssumme als [[Administrator (Katholische Kirche)|Administrator]] das Bistum Wien, musste dieses aber nach wenigen Monaten aufgeben, nachdem Matthias Corvinus [[Wien]] erobert hatte und nun das Amt mit seinem Vertrauensmann besetzte. Bernhard von Rohr zog sich endgültig in die [[Burg Tittmoning]] zurück, wo er wenig beachtet an einem Schlaganfall („Schlagfluss“) am 21. März 1487 verstarb.

Bernhard von Rohr übernahm zur teilweisen Abgeltung der vereinbaren Entschädigungssumme als [[Administrator (Katholische Kirche)|Administrator]] das Bistum Wien, musste dieses aber nach wenigen Monaten aufgeben, nachdem Matthias Corvinus [[Wien]] erobert hatte und nun das Amt mit seinem Vertrauensmann besetzte. Bernhard von Rohr zog sich endgültig in die [[Burg Tittmoning]] zurück, wo er wenig beachtet an einem Schlaganfall („Schlagfluss“) am 21. März 1487 verstarb.