Josef Aigner war ''Ritter des Franz-Josefs-Ordens''.
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In Anerkennung seiner Verdienste verliehen ihm die Marktgemeinden [[Ehrenbürger der Stadt Zell am See|Zell am See]] und [[Ehrenbürger der Stadt Saalfelden am Steinernen Meer|Saalfelden]] ihre Ehrenbürgerschaft.<ref>Salzburgischer Geschäfts-, Volks- und Amts-Kalender für das Jahr 1907. 35. Jg. Salzburg (Mayr) 1907.</ref>