Wichtige Seitenaltäre sind den vier Fakultätsheiligen geweiht.
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Die mittigen Seitenaltäre besitzen Altarblätter von [[Johann Michael Rottmayr]] und zeigen die Heiligen Borromäus den Universitätsheiligen Benedikt. Die weiteren Seitenaltäre sind den vier Fakultätsheiligen geweiht.