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Außenpolitisch unterstützte er den Kaiser in den Auseinandersetzungen um die Spanische Erbfolge. Das Salzburger Infanterieregiment in der Stärke von 1500 Mann kam bei Freiburg zum Einsatz und marschierte dann zusammen mit dem kaiserlichen Bataillon und einem Hildesheimer Regiment gegen Neuburg am Rhein. Die salzburger Truppen konnten erst nach dem im Jahr [[1714]] geschlossenen Frieden von Baden im Aargau nach neuneinhalb Jahren Dienst in die Heimat zurückkehren.  

Außenpolitisch unterstützte er den Kaiser in den Auseinandersetzungen um die Spanische Erbfolge. Das Salzburger Infanterieregiment in der Stärke von 1500 Mann kam bei Freiburg zum Einsatz und marschierte dann zusammen mit dem kaiserlichen Bataillon und einem Hildesheimer Regiment gegen Neuburg am Rhein. Die salzburger Truppen konnten erst nach dem im Jahr [[1714]] geschlossenen Frieden von Baden im Aargau nach neuneinhalb Jahren Dienst in die Heimat zurückkehren.  

Harrach stärkte den Handel mit dem Mittelmeergebiet und ließ Straßen und Handelswege ausbauen. Unter Harrach entzogen sich die Habsburgisch-österreichischen Länder der kirchlichen Oberhoheit des bayrisch-salzburgischen Kirchenfürsten. Der Habsburger Kaiser Karl VI. hatte getrachtet, Wien und die habsburgischen Länder, seit jeher Teil der Salzburger Kirchenprovinz, zum eigenen Erzbistum zu erheben. Ein dahin lautender Antrag wurde [[1721]] vom Papst positiv entschieden.  

Harrach stärkte den Handel mit dem Mittelmeergebiet und ließ Straßen und Handelswege ausbauen. Unter Harrach entzogen sich die Habsburgisch-österreichischen Länder der kirchlichen Oberhoheit des bayrisch-salzburgischen Kirchenfürsten. Der Habsburger Kaiser Karl VI. hatte getrachtet, Wien und die habsburgischen Länder, seit jeher Teil der Salzburger Kirchenprovinz, zum eigenen Erzbistum zu erheben. Ein dahin lautender Antrag wurde [[1721]] vom Papst positiv entschieden.  Auch in anderer Hinsicht seine Regentschaft den langsamen politischen und wirtschaftlichen Niedergang Salzburgs ein.  

In der [[Salzburger Münze]] ließ er [[1710]] das erste Druckwerk, eine Prägemaschine mit Spindelpresse, aufstellen. Die [[Universität|Salzburger Universität]] hatte regen Zugang, sie wies 836 Hörer auf. Im Jahre [[1711]] kam es allerdings aufgrund der Bestrafung eines Studenten wegen einer Schmähschrift zu einem Studentenstreik gegen den Rektor. Im Mai [[1718]] wurde die erste Jahrhundertfeier der Universität begangen. Gegen Alchemie und Versuche, aus unedlem Metall Gold zu machen, erging ein strenges Mandat.  

In der [[Salzburger Münze]] ließ er [[1710]] das erste Druckwerk, eine Prägemaschine mit Spindelpresse, aufstellen. Die [[Universität|Salzburger Universität]] hatte regen Zugang, sie wies 836 Hörer auf. Im Jahre [[1711]] kam es allerdings aufgrund der Bestrafung eines Studenten wegen einer Schmähschrift zu einem Studentenstreik gegen den Rektor. Im Mai [[1718]] wurde die erste Jahrhundertfeier der Universität begangen. Gegen Alchemie und Versuche, aus unedlem Metall Gold zu machen, erging ein strenges Mandat.  

Harrach zeichnete sich durch seinen dem Rokoko zugeneigten Kunstsinn aus und war in der Stadtbevölkerung wegen seiner Leutseligkeit und Wohltätigkeit überaus beliebt. So kam es immer wieder vor, dass er sich, auf den Bänken der Residenz sitzend, mit Bürgern unterhielt. Die Kardinalswürde für seine Person, für die sich König Johann von Polen beim Papst eingesetzt hatte, schlug er aus. Franz Anton war der erste Salzburger Fürsterzbischof, der eine Perücke trug, die vorher Geistlichen verboten war.  

Harrach zeichnete sich durch seinen dem Rokoko zugeneigten Kunstsinn aus und war in der Stadtbevölkerung wegen seiner Leutseligkeit und Wohltätigkeit überaus beliebt. So kam es immer wieder vor, dass er sich, auf den Bänken der Residenz sitzend, mit Bürgern unterhielt. Die Kardinalswürde für seine Person, für die sich König Johann von Polen beim Papst eingesetzt hatte, schlug er aus. Franz Anton war der erste Salzburger Fürsterzbischof, der eine Perücke trug, die vorher Geistlichen verboten war.  

Sein Wahlspruch  "In manu domine sors mea" (In Gottes Händen liegt mein Los) prägte seine Persönlichkeit und Regentschaft. Er zählte zu den beliebtesten Fürsterzbischöfen in der Stadt Salzburg. In den Landgemeinden verlor Harrach durch manch kleinliche Verordnung zuweilen Ansehen und Autorität. So trat 1714 ein allgemeines Verbot des Arbeitens im Ausland in Kraft. Trotzdem leitete seine Regentschaft den wirtschaftlichen Niedergang Salzburgs ein. 

Sein Wahlspruch  "In manu domine sors mea" (In Gottes Händen liegt mein Los) prägte seine Persönlichkeit und Regentschaft. Er zählte zu den beliebtesten Fürsterzbischöfen in der Stadt Salzburg. In den Landgemeinden verlor Harrach durch manch kleinliche Verordnung zuweilen Ansehen und Autorität. So trat 1714 ein allgemeines Verbot des Arbeitens im Ausland in Kraft.  

Harrach starb am 18. Juli 1727 im Schloss Mirabell an einer Lungenentzündung.

Harrach starb am 18. Juli 1727 im Schloss Mirabell an einer Lungenentzündung.