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[[1471]] nahm er am Regensburger Reichstag teil, wo in der Zeit der steten Türkengefahr dringend Beschlüsse fassen sollten. Zwistigkeiten mit dem [[Äbte von St. Peter|Abt von Sankt Peter]] [[Rupert V. Keutzl]], mit dem [[Dompropst]] [[Kaspar von Stubenberg]], aber auch mit Kaiser Friedrich III. und dem Papst (wegen der Bistümer Gurk und Freising) und die Wirren in Österreich verleideten ihm die Regierungsarbeit und führten [[1478]] zur spontanen Abdankung zu Gunsten des kaiserlichen Parteigängers und Bischofs von Gran [[Johann III. Beckenschlager]].

[[1471]] nahm er am Regensburger Reichstag teil, wo in der Zeit der steten Türkengefahr dringend Beschlüsse fassen sollten. Zwistigkeiten mit dem [[Äbte von St. Peter|Abt von Sankt Peter]] [[Rupert V. Keutzl]], mit dem [[Dompropst]] [[Kaspar von Stubenberg]], aber auch mit Kaiser Friedrich III. und dem Papst (wegen der Bistümer Gurk und Freising) und die Wirren in Österreich verleideten ihm die Regierungsarbeit und führten [[1478]] zur spontanen Abdankung zu Gunsten des kaiserlichen Parteigängers und Bischofs von Gran [[Johann III. Beckenschlager]].

Die vorschnelle Resignation bereute Bernhard von Rohr bald und widerrief seine Zusage. Der Kaiser war darauf ungehalten und erhöhte den Druck auf den Fürsterzbischof. Er trieb so den Fürsterzbischof dazu, ein Bündnis mit dem kaiserfeindlichen ungarischen König Matthias Corvinus einzugehen und räumte dabei im Vertrag von [[1479]] dem Ungarnkönig seine Burgen in [[Kärnten]] und der [[Steiermark]] ein, was zu langen und blutigen bürgerkriegsähnlichen Unruhen führte. Erst am [[14. Jänner]] [[1482]] dankte Bernhard von Rohr als regierender Fürst endgültig ab, behielt aber lebenslang den Titel eines Fürsterzbischofs von Salzburg.  

Die vorschnelle Resignation bereute Bernhard von Rohr bald und widerrief seine Zusage. Der Kaiser war darauf ungehalten und erhöhte den Druck auf den Fürsterzbischof. Er trieb so den Fürsterzbischof dazu, ein Bündnis mit dem kaiserfeindlichen ungarischen König Matthias Corvinus einzugehen und räumte dabei im Vertrag von [[1479]] dem Ungarnkönig seine Burgen in [[Kärnten]] und der [[Steiermark]] ein, was zu langen und blutigen bürgerkriegsähnlichen Unruhen führte. Erst am [[29. November]] [[1481]] dankte Bernhard von Rohr als regierender Fürst endgültig ab, behielt aber lebenslang den Titel eines Fürsterzbischofs von Salzburg.  

Sein Rücktritt und die Ernennung von Johann Beckenschlager zum Fürsterzbischof führte zu neuen Spannungen: Bayrische Parteigänger wollten die Ernennung von Johann Beckenschlager nicht hinnehmen und förderten maßgeblich die Wahl eines Gegenerzbischofs durch die Salzburger Domherren: [[Christoph Ebran von Wildenberg]], maßgebliche Schlüsselfigur der Salzburger Diplomatie. Ebran von Wildenberg konnte sich aber in der Folge als Gegenerzbischof gegen den Gefolgsmann des Kaisers nicht durchsetzen und wurde vom Papst exkommuniziert.  

Sein Rücktritt und die Ernennung von Johann Beckenschlager zum Fürsterzbischof führte zu neuen Spannungen: Bayrische Parteigänger wollten die Ernennung von Johann Beckenschlager nicht hinnehmen und förderten maßgeblich die Wahl eines Gegenerzbischofs durch die Salzburger Domherren: [[Christoph Ebran von Wildenberg]], maßgebliche Schlüsselfigur der Salzburger Diplomatie. Ebran von Wildenberg konnte sich aber in der Folge als Gegenerzbischof gegen den Gefolgsmann des Kaisers nicht durchsetzen und wurde vom Papst exkommuniziert.